Omicron sera-t-il le dernier variant inquiétant ?

Omicron ne sera pas l’ultime variant du Sars-Cov-2, mais il pourrait être le dernier à nous faire peur. Car il a augmenté sa capacité à se répliquer sans accroître sa dangerosité, explique ce chercheur britannique, spécialisé en virologie et immunologie.

Même si le caractère d’être vivant des virus reste controversé, une chose est sûre : ils évoluent, à l’instar de tous les êtres vivants. C’est devenu on ne peut plus clair au cours de la pandémie, avec l’apparition de nouveaux types inquiétants de variants, à quelques mois d’intervalle.

Certains de ces variants se sont montrés plus doués que d’autres pour se propager d’un individu à un autre. Ils ont fini par devenir dominants en supplantant des variants moins rapides du Sars-CoV-2, le virus responsable du Covid-19. Cette meilleure capacité de propagation serait liée à des mutations de la protéine Spike – celle qui forme ces protubérances en forme de champignon à la surface du virus – qui lui permettent de se lier plus fortement aux récepteurs ACE2. Ces derniers sont situés à la surface de nos cellules, en particulier de celles qui tapissent nos voies respiratoires. Et le virus se fixe à ces récepteurs pour pénétrer dans les cellules et s’y répliquer.

Ce genre de mutation a permis au variant Alpha, puis au variant Delta, de devenir dominant au niveau mondial, et les scientifiques s’attendent au même type de phénomène avec le variant Omicron.

Cependant, le virus ne peut pas s’améliorer indéfiniment. D’après les lois de la biochimie, il devrait finir par développer une protéine Spike capable de se lier le plus fortement possible aux récepteurs ACE2. À ce moment-là, la capacité du Sars-CoV-2 à se propager entre humains ne dépendra plus de la manière dont il se fixe aux récepteurs des cellules. D’autres facteurs influeront sur sa propagation, comme la vitesse de réplication du génome, la vitesse de pénétration du virus dans la cellule via la protéine TMPRSS2 et la quantité de virus qu’un être humain contaminé peut répandre. En principe, tous ces facteurs devraient finir par évoluer pour atteindre un pic en termes de performances.

Le variant Omicron a-t-il atteint ce pic ? Rien ne laisse vraiment penser que ce soit le cas. Les études dites de “gain de fonction”, qui cherchent les mutations dont le Sars-CoV-2 a besoin pour mieux se propager, ont permis d’identifier de nombreuses mutations qui améliorent la capacité de la protéine Spike à se lier aux cellules humaines, et qu’Omicron ne possède pas. En outre, comme mentionné plus haut, d’autres aspects du cycle de vie du virus, comme la réplication de son génome, pourraient connaître des améliorations.

Supposons cependant un instant qu’Omicron soit le variant avec la meilleure capacité de propagation qui soit. Il risque néanmoins de ne pas s’améliorer parce qu’il est limité par la “probabilité génétique”. En effet, de même que les zèbres ne se sont pas dotés d’yeux à l’arrière de la tête pour se prémunir des prédateurs, il y a fort à parier que les mutations que subira le Sars-CoV-2 ne lui permettront pas d’atteindre le maximum de ses capacités théoriques : il faudrait pour cela que ces mutations se produisent toutes en même temps, ce qui est hautement improbable. Même dans un scénario où Omicron serait le meilleur variant qui soit pour se propager entre les hommes, de nouveaux variants verraient le jour pour contourner le système immunitaire humain.

Après avoir été infecté par un virus, le système immunitaire s’adapte en produisant des anticorps qui se fixent sur le virus pour le neutraliser [et l’empêcher d’entrer dans les cellules] ainsi que des lymphocytes T, dites cellules tueuses, qui détruisent les cellules contaminées. Les anticorps sont des protéines qui adhèrent à une structure moléculaire spécifique du virus, et les cellules T tueuses reconnaissent les cellules infectées également grâce à cette structure moléculaire. Pour échapper au système immunitaire, il suffit donc que le Sars-CoV-2 mute suffisamment pour que sa structure moléculaire ne soit plus reconnue par ledit système.

C’est pourquoi Omicron réussit apparemment si bien à contaminer des personnes préalablement immunisées, soit par des vaccins, soit par des infections par d’autres variants : les mutations d’Omicron qui permettent à la protéine Spike de se lier plus fortement aux récepteurs ACE2 réduisent également la capacité des anticorps à se lier au virus et à le neutraliser. Mais les données de Pfizer suggèrent que les cellules T réagissent de la même manière au variant Omicron qu’à ses prédécesseurs. Ce qui concorde avec l’observation qu’il entraîne un taux de mortalité plus faible en Afrique du Sud, où la plupart des gens ont déjà acquis une immunité.

Bonne nouvelle pour l’humanité donc : une première exposition au virus protège apparemment encore contre les complications et la mort, ce qui nous laisse avec un “compromis” où le virus se réplique et nous contamine de nouveau, mais sans que nous soyons aussi gravement malades que la première fois.

C’est l’avenir le plus probable pour ce virus. Même s’il se comporte comme un joueur professionnel qui exploite toutes ses capacités, il n’y a aucune raison de penser que le système immunitaire ne pourra pas le contrôler et l’éliminer. Les mutations qui maximisent sa capacité de propagation n’augmentent pas beaucoup sa capacité létale. Ce virus au maximum de ses capacités pourrait alors simplement muter de manière aléatoire, et changer suffisamment au fil du temps pour ne pas être reconnu par notre système immunitaire, ce qui entraînerait des vagues de réinfection.

Nous pourrions donc avoir une saison du Covid chaque hiver, comme nous avons une saison de la grippe. Les virus grippaux présentent un schéma de mutation similaire au cours du temps, phénomène connu sous le nom de “glissement antigénique”, qui entraîne des réinfections. Les nouveaux virus de la grippe saisonnière ne sont pas forcément plus graves que ceux de l’année précédente, mais ils sont suffisamment différents [pour ne pas être reconnus par notre système immunitaire]. La meilleure preuve de cette éventualité ? Cela se produit déjà avec le 229E, un coronavirus qui provoque un rhume bénin.

Omicron ne sera donc pas le dernier variant du Sars-Cov-2, mais il pourrait être le dernier à nous faire peur. Si nous avons de la chance, et l’évolution de cette pandémie reste difficile à prévoir, le Sars-CoV-2 pourrait probablement devenir un virus endémique qui mutera lentement au fil du temps.

La maladie serait alors sans grand doute bénigne, car y avoir déjà été exposé aura créé une immunité qui réduit la probabilité d’hospitalisation et de décès. La plupart des gens seront contaminés pour la première fois dans leur enfance, avant ou après une vaccination, et les contaminations ultérieures passeront presque inaperçues. Seul un petit groupe de scientifiques traquera les modifications génétiques du Sars-CoV-2 au cours du temps. Et les variants préoccupants appartiendront au passé – du moins jusqu’à ce que le prochain virus franchisse la barrière des espèces.

Ben Krishna

Lire l’article original

Source

Lancée en 2013, la version britannique du site d’actualités The Conversation est la deuxième à voir le jour, après le lancement du site australien en 2011. Ce média numérique à but non lucratif couvre un large éventail d’actualités : politique,

[…]

Lire la suite

Plus de nouvelles

Articles associés