“Deltacron” ne serait pas un nouveau variant mais une erreur de laboratoire

La découverte, en fin de semaine dernière à Chypre, d’un variant du Sars-CoV-2 qui combinerait des mutations de Delta et d’Omicron a affolé les médias du monde entier. Or “Deltacron” est probablement un leurre dû à un mélange de prélèvements en laboratoire.

En fin de semaine dernière, le biologiste Leondios Kostrikis, de l’université de Chypre, qui dirige un laboratoire de virologie et de biotechnologie moléculaire, indique à l’agence Bloomberg que son établissement a identifié un variant du Sars-CoV-2 combinant des mutations venant d’Omicron et de Delta. Ce nouveau variant recombinant, qu’il baptise “Deltacron”, aurait été identifié dans l’île chez vingt-cinq personnes, dont onze sont hospitalisées.

Mais pour le biologiste moléculaire Eric Topol, de l’institut de recherche translationnelle de La Jolla, en Californie, et pour Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres, interrogés par Quartz, il s’agit d’un leurre dû à une erreur de laboratoire.

Recombiner des génomes

Certes, il est possible que des variants de coronavirus “recombinent” leurs génomes et forment de nouvelles souches. Pour cela, il faut que les deux variants infectent la même cellule en même temps chez la même personne. Mais, “Omicron n’a probablement pas circulé assez longtemps, dans une population assez importante, pour produire un véritable recombinant”, explique Tom Peacock.

Et surtout, “les détails génétiques de ‘Deltacron’ publiés sur [la plateforme internationale de partage de donnés de séquençage] Gisaid ne ressemblent pas à ceux d’un recombinant. Au contraire, ils semblent très clairement être dus à une contamination du laboratoire dans lequel le séquençage a eu lieu”, explique le site américain d’information. En effet, les mutations des deux variants retrouvées par le séquençage ne semblent pas venir des mêmes personnes.

Contamination en laboratoire

Il est donc vraisemblable qu’il y ait eu un mélange entre plusieurs prélèvements réalisés le même jour dans le laboratoire. Tom Peacock déclare :

Il est très probable que [tous les échantillons] ont été séquencés dans le même lot, le même jour et dans le même laboratoire, qui a connu un problème de contamination – c’est ce qui s’est généralement produit dans le passé.”

D’autres variants sont encore susceptibles d’émerger tôt ou tard. Mais il n’y a pas à s’inquiéter d’un “Deltacron”, selon Eric Topol.

Source

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